Para converter vários arquivos pdf em um único arquivo usando Ubuntu, basta instalar o pdftk:

$ sudo apt-get install pdftk

e rodar o seguinte comando:

$ pdftk <infile> cat output <outfile>

Por exemplo, crie um diretório com vários arquivos pdf e execute:

$ pdftk *.pdf cat output arquivo_final.pdf

Outra forma seria com …